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氢--选择性毒性自由基
在了解氢气非常安全以后，很多人会想到一个问题：氢气为什么能够疾病？氢气是怎么发挥作用的？
这些问题，也是氢医学研究者们关注的重点。
2007年篇关于氢气脑中风的文章，发现氢气可以选择性毒性自由基（羟自由基，亚硝酸阴离子），但是不影响人体需要的有用的自由基的含量（超氧阴离子，过氧化氢），而且我们也有很多证据证明由于氢的抗氧化，细胞氧化产物减少了，毒性自由基的代谢产物增加了（证明羟自由基等被了）。
科学研究是一个漫长的过程，我们在10年的氢医学探索中，不断发现氢气各种疾病的神奇效果，但是由于各种条件限制，目前关于氢气疾病原因的研究还没有重大的突破，在还没有更好的科学原理解释之前，我们目前认可这样的理由：氢可以通过选择性抗氧化自由基，减轻细胞氧化损伤来疾病。
研究氢气发挥作用的原因，这是科学家们的目标和任务，对于普通氢产品使用者来说，重要的是需要向他们阐明两点：
1，氢非常安全，。
2，氢气可以很好的某些疾病。
在这个基础上民众是否接受和相信氢产品是一个概率事件，可能更好的推广方式是亲身体验氢的效果，通过自身体会和一些指标改变(如血脂，尿酸等)获得人群对氢的认可和信任。
氢--内源性抗氧化系统
氢气可以内源性抗氧化系统，这可能是氢气发挥疾病效应的第二个原因。
什么是内源性抗氧化？
当细胞受到刺激或者伤害，产生过量的自由基的时候，细胞内部就会启动一系列的反应来多余的自由基，大量的研究证实，NRF2（核因子E2相关因子2）是目前已知的的重要的氧化损伤调控枢纽，它是外源性有毒物质和氧化损伤的感受器。它可以细胞防御化学反应，调控HO-1(血红素氧合酶1) SOD(超氧化物歧化酶)、GSH(谷胱甘肽过氧化物酶)等的活性，氢气可以显著NRF2，这意味着氢气可以调控内源性抗氧化系统的活性，增强细胞对抗损伤的能力。
从抗氧化角度解释氢的作用，我们可以这样说，氢气一方面自由基，另一方面机体自身抗氧化活性，这样双管齐下，帮助细胞对抗损伤，细胞表现为死亡减少，炎症反应减轻、开始增殖修复，逐渐恢复健康。
氢--科研探索进行时
氢医学研究者在确定氢气有疾病作用以后，主要的关注重点就是氢发挥作用的内在机制，简单说就是氢是怎么起作用的，可以不谦虚的说，氢气的机制研究是诺贝尔奖级别的研究，谁能够完解释氢的作用原因，就有获得世界科学奖项的可能，综合目前的研究成果，简单的解释可能就是：氢气可以选择性毒性自由基，氢气可以内源性抗氧化系统，通过以上两种方式发挥对各类疾病的保护作用。
目前比较激动人心的发现，是氢气能够抗衰老因子SIRT的表达，证明氢气可能在抗衰老方面发挥重要作用，喝氢水可以调控肠道菌群基因表达预防结肠癌发生，证明氢气吸入和饮用含氢水可能存在不同的作用特点。
长时间的氢气吸入（12小时/天）可以显著抑制肿瘤生长和肿瘤内血管形成，证明氢气可能在癌症方面也会发挥作用等等，氢气医学刚刚起步，未来，还会有更多的证据出现，不断增强大家对氢气医学作用的信任和信心。
大量科学研究的不断深入，必将吸引更多的科研工作者加入氢医学研究的队伍，必将不断证明氢气效果的真实可行性，面对氢医学是伪科学的反对声音，面对氢疾病充满质疑的普罗大众，氢医学研究需要以更多强有力的证据让氢的医学功能获得认可。
氢--正式迈入医疗应用阶段
钟南山院士是我国早开展氢医学临床研究的专家，临床氢医学的创始人，他认为，氢分子医学对人体健康有很大发展前景，特别对胸肺疾病，吸入氢气可以通过抗氧化，炎症。并大胆预言“氢气可将疾病的往前移”，不仅改善，还有“对因作用”。
据了解，钟南山已经启动了氢氧气雾化机对400位新型冠状病毒患者的临床研究，在广州医科大学附属医院等多家医院开展了“氢氧气雾化机用于改善2019新型冠状病毒患者的多中心、随机、平行对照研究”。
国家药监局公示适用范围显示：氢氧气雾化机在医疗机构中使用，辅助用于需住院的慢性阻塞性肺疾病急性加重期的成人患者的（包括呼吸困难、咳嗽、咳痰）改善。标志着氢气医学终成正果，从长期理论研究和实验，正式迈入医疗应用阶段。